Após o sucesso do primeiro game, nada mais justo que a Squaresoft começar imediatamente a produção de Final Fantasy II. Desta vez, o produtor Hironobu Sakaguchi quis dar grande ênfase a história, algo que tinha sido elogiado no primeiro game, mesmo tendo uma premissa simplória de guerreiros da luz enfrentando guerreiros das trevas, sendo a razão pela qual há diversos personagens que sacrificam a própria vida em prol dos protagonistas vencerem a guerra. Desta vez, Sakaguchi colocou a história primeiro “no papel” para depois desenvolver o game em si.
A primeira decisão da equipe foi remover o sistema de classes como exposto no título, sendo que uma das razões era fazer com que os jogadores evoluíssem cada um dos personagens para eles serem qualquer coisa que eles quisessem. Além disso, eles deram a possibilidade do jogador bater nos próprios amigos para que os personagens que estivessem dormindo pudessem acordar, mas os desenvolvedores acabaram não prevendo que os jogadores iriam fazê-lo justamente para evoluir as habilidades de determinados personagens, considerando que neste game não há o tradicional sistema de níveis, mas sim uma melhora no status baseado em quanto você usa ele.
Curiosamente, o programador Nasir Gebelli, que também foi responsável pela programação do primeiro game, precisou sair do Japão por problemas com o visto que estava expirando na época e voltou para Sacramento, Califórnia, nos Estados Unidos. Para não desperdiçarem o trabalho feito, toda a equipe de produção viajou junto com ele para a “terra do Tio Sam” com o material já produzido e finalizaram o game lá. Outra curiosidade é que o game foi lançado 364 dias depois do primeiro (17 de dezembro de 1988), ou seja, por um dia não foi exatamente na mesma data, só que no ano seguinte.
Outro grande sucesso, o game vendeu o dobro do jogo original, alcançando 1.08 milhões de cópias somente no Japão e outros 200 mil exportados. Em 1991, a subdivisão norte americana da Squaresoft começou a tradução de Final Fantasy II, e teria o sufixo “Dark Shadow Over Palakia”. Uma versão beta foi produzida, mas eventualmente foi cancelada em favor de adaptarem o Final Fantasy IV do Super Nintendo. Oficialmente, o game só chegou por “essas bandas” em seu relançamento Final Fantasy Origins, lançado para o primeiro PlayStation em 2002.
