Em meados da década de 1990, a série Super Mario já tinha sido expandida para vários segmentos, incluindo jogos de Kart, games educativos, paint, Tetris, mas não havia nenhum jogo de RPG. Foi aí que a Nintendo, vendo que os jogos do gênero faziam grande sucesso entre todos os públicos no Japão, achou que seria uma boa ideia ter um game do bigodudo neste estilo, algo que o próprio Shigeru Miyamoto, considerado o pai de Mario e Zelda, queria também.
Eles se aproximaram da Squaresoft (atual Square-Enix) e o desenvolvimento começou no início de 1994 após um encontro de negócios entre as duas empresas. A primeira fase foi decidir o sistema básico de batalha e, logo de cara, ficou decidido que o jogo teria visão isométrica para combinar com o universo do Mario, se distanciando um pouco dos RPGs tradicionais com a “vista de cima”, além de dar um pouco mais de ação quando comparado aos outros games do gênero, com direito a sessões de plataformas e pulos que caracterizam o personagem.
Após muitas conversas e acordos entre ambas as partes, veio a público neste mesmo ano durante o Festival V-Jump, com direito a participação do Miyamoto e do co-diretor do jogo, Chihiro Fujioka, e na ocasião eles disseram que o game estava 70% completo. Os gráficos foram feitos com as técnicas de computador mais avançadas daquele tempo, incluindo efeitos de luz e sombra e visuais tridimensionais que impressionam para o Super Nintendo, além de que os sprites dos personagens eram pré-renderizados e até os inimigos se mexiam durante as batalhas, não se resumindo apenas a uma foto estática como acontecia com muitos de seus contemporâneos.
Inicialmente, uma das ilustrações desenvolvidas pela Square era do Mario segurando uma espada, que funcionaria como sua arma no jogo. Quando chegou nas mãos de Shigeru Miyamoto ele disse “isso não está certo!” e houve uma dificuldade em saber se os ataques se aproximariam mais dos jogos de Final Fantasy ou os do Super Mario. Então, eles deixaram os fãs decidirem no já citando evento V-Jump, onde exibiam imagens do personagem com uma espada e com o martelo e aquele que fosse mais aplaudido iria para a versão final. Foi aí que o martelo virou a arma do bigodudo.
Vale dizer que Super Mario RPG é um dos sete jogos fora do Japão a usar o chip Nintendo SA-1, que amplia as capacidades gráficos e sonoras do cartucho.
