O desenvolvimento de Final Fantasy VI começou logo após o lançamento do quinto episódio em dezembro de 1992, demorando cerca de um ano até seu lançamento. O criador da série Hironobu Sakaguchi tinha sido promovido para vice-presidente executivo da Squaresoft e não pode estar envolvido com o desenvolvimento do game como nos jogos anteriores, explicando o porque o VI é um “ponto fora da curva” quando comparado aos anteriores que tinha histórias com cristais e eram predominantemente medievais.
Com seu novo cargo, quem ficou na direção foi Yoshinori Kitase, que co-dirigiu com o Sakaguchi o Final Fantasy V, junto com Hiroyuki Ito, que até então ficava responsável exclusivamente pelos designs das batalhas e agora também dirigia. A ideia para o VI episódio é que não houvesse um personagem principal, com todos tendo importância equivalente e cada um tinha sua própria história e, para isso funcionar, os próprios desenvolvedores idealizavam e colocavam “no papel” seus personagens junto com suas histórias.
Depois que a premissa de todos os personagens ficou pronta, Kitase ficou responsável em unir todos eles em uma narrativa coesa, criando elementos chaves da história como a tentativa de suicídio da Celes e a cena da opera, e também o vilão Kefka. Já a cena inicial com as Magitek Armors e os créditos da equipe de produção foi uma ideia do diretor gráfico Tetsuya Takahashi, desrespeitando uma ordem de Hironobu Sakaguchi que queria usar os mesmos tipos gráficos em todo o jogo.
Até o quinto episódio, os sprites dos personagens mudavam quando transicionava para batalha, e Sakaguchi sentiu que isso diminuía a quantidade de expressões faciais possíveis durante as cenas do jogo. Já o mapa do mundo é renderizado em Mode 7 para dar a impressão de um efeito tridimensional.
Já o game chegou aos ocidentais sob o nome de Final Fantasy III, considerando que apenas o primeiro e o quarto episódio tinha chegado por “essas bandas”. Diferente do Final Fantasy IV, o VI não teve grandes mudanças no gameplay, mas eles procuraram deixar ao máximo o jogo “Family Friendly” para se adequar as políticas da Nintendo of America.
Com isso, a nudez de alguns vilões e invocações nas batalhas foram cobertas; enquanto as casas de PUB (BAR) viraram Café. Alusões a religião também foram alteradas, como o caso da magia “Holy” que se transformou em “Pearl”, palavrões, e gritos como “mate-os” virou “pegue-os”, e até mesmo os diálogos da personagem Relm, de 10 anos, foram bem suavizados por ela se comunicar de modo muito agressivo para a idade dele. Na conversão do jogo para o primeiro PlayStation, os textos permaneceram bem semelhantes a tradução do Super Nintendo, mas a censura foi suavizada.
